Labor & Employment

従業員・退職者から残業代を請求されたとき

退職した従業員の代理人から、数年分の残業代を請求する書面が届いた。在職中の従業員から、固定残業代だけでは支給額が足りていないはずだと指摘された。労働基準監督署の調査を契機に、同じ賃金制度を適用している従業員全体の問題として浮上した。残業代の請求は、こうした形で始まります。

まず必要なのは、残業代の金額の検討ではなく、いま残っている記録を確保することです。勤怠のデータや入退館の記録は、一定期間で自動的に上書きされる設定になっていることがあります。

残業代請求の当否は、労働時間として評価される時間、割増賃金の前提となる基礎賃金、固定残業代や管理監督者といった制度の適用、消滅時効の有無など論点が多岐に分かれます。会社側で確認できる資料がどこまであるかによって、現実的に取り得る対応も変わります。本ページでは、その順序を整理します。

最終更新日：2026年9月15日

まず確認すること

以下は、ご相談の際に分かる範囲で共有いただきたい事項です。残業代請求の当否が判断できていない段階でも、ご相談いただけます。

請求の内容と、回答の期限――残業代請求書、添付されている計算書、代理人からの連絡の記録を保全し、請求している人、対象となる期間、金額、回答を求められている期限を確認します。労働審判の申立書や訴状が届いている場合は、答弁書の提出期限と第1回の期日を確認します。
勤怠・入退館・PCの記録が、消えない状態になっているか――勤怠システム、入退館の記録、PCのログイン・ログオフの記録、業務用端末の稼働記録について、自動的な消去や上書きを止め、元データを確保します。
賃金の支払を示す資料――賃金台帳、給与明細、振込の記録、手当の支給履歴を確保します。労働者名簿、賃金台帳その他の労働関係に関する重要な書類には、法律上の保存期間が定められています。
賃金制度と、固定残業代の説明資料――雇用契約書、賃金規程、固定残業代を定めている場合はその内容と、採用時・改定時に本人へどう説明したかが分かる資料を確認します。
実際の働き方――業務の指示、シフト、始業前の準備や終業後の後始末、待機の時間、持ち帰って行っていた業務の有無を確認します。
制度の適用の有無と、その根拠――変形労働時間制、裁量労働制、管理監督者としての取扱いがある場合、その根拠となる労使協定・労使委員会の決議・就業規則と、実際の運用を確認します。
過去の対応と、他の従業員への波及――過去に同種の精算や合意があったか、行政指導を受けたことがあるか、同じ賃金制度・勤怠管理が適用されている従業員がどの範囲にいるかを確認します。

確認できている記録を基に、請求内容の検証の進め方と、回答の組み立て方を検討します。

ご相談いただけること請求の内容と根拠の確認／労働時間に関する記録の整理／労働時間として扱う範囲の検討／割増賃金の計算の検証／回答書の作成と交渉／和解による解決の検討／労働審判・訴訟への対応

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1 残業代請求の内容と、労働時間を照合する
2 割増賃金の計算と、制度の適用を確認する
3 残業代請求への回答を組み立てる
4 残業代請求の解決に加え、継続している運用の是正を進める
よくあるご質問

1 残業代請求の内容と、労働時間を照合する

残業代請求は、対象となる期間、主張されている労働時間、基礎賃金、既に支払われた金額という要素に分けて検討することが必要であり、会社が保有している資料を踏まえて、この要素ごとに突き合わせていきます。

先に、記録が消えない状態にする

勤怠のデータ、入退館の記録、PCの稼働記録は、一定期間で自動的に上書きされる設定になっていることがあります。請求を受けた時点で、まずこの設定を確認し、対象となる期間の記録を保全します。

なお、労働者名簿、賃金台帳その他の労働関係に関する重要な書類の保存期間は、原則5年ですが、当分の間は3年とされています。

打刻と、客観的な記録の食い違い

労働時間に当たるかどうかは、使用者の指揮命令下に置かれていたと評価できるかによって、客観的に判断されるものと理解されています。

打刻された時刻と、入退館やPCの記録が食い違うことも珍しくありません。打刻の後に業務をしていた時間があるのか、逆に在館していても業務から離れていた時間があるのかは、いずれも事実認定の問題です。

準備・待機・持ち帰り業務と、指揮命令の実態

使用者の指示により事業場内で業務上必要な準備や後始末を行った時間、即時に業務に従事することを求められ指揮命令下から離れることが保障されていない待機の時間は、労働時間に当たるものとされています。制服への着替え、開店前の清掃、電話番などの時間が労働時間に当たるか否か問題になることがあります。

持ち帰って行っていた業務についても、会社の指示との関係、成果物の提出の有無、業務量から見て所定の時間内に終えられたかといった事実を確認することになります。

2 割増賃金の計算と、制度の適用を確認する

基礎となる賃金と、時間外・休日・深夜の労働

法定の時間外労働、法定休日の労働、深夜の労働については、法令所定の割増賃金の支払が必要です。1か月について60時間を超えた時間外労働については、より高い率が定められています。深夜の割増は、午後10時から午前5時までの間の労働について問題になります。

ここで区別が必要なのは、所定の労働時間を超えた時間と法定の労働時間を超えた時間、会社が定めた休日と法定の休日です。就業規則上の「休日出勤」がそのまま法定休日の労働になるとは限りません。また、割増賃金の計算の基礎となる賃金には、家族手当、通勤手当その他法令で定める賃金は算入しないこととされています。

固定残業代の内容と、不足額

固定残業代については、通常の賃金に当たる部分と割増賃金に当たる部分を判別することができるか、そして割増賃金の対価として支払われたものといえるかを確認することになります。この判別可能性や対価性という判断枠組みにおいては、契約書等の記載、使用者の説明、実際の労働時間その他の事情を考慮して判断され、手当の名称・算定方法だけでなく、賃金体系全体における位置付けも考慮されます。

なお、固定残業代が割増賃金の支払として認められる場合であっても、法令所定の割増賃金額に不足していれば、その差額を支払う必要があります。

管理監督者としての取扱い

労働基準法上の監督若しくは管理の地位にある者については、労働時間、休憩及び休日に関する規定は適用されません。もっとも、深夜の割増賃金は、この適用除外の対象ではありません。管理職として扱ってきた従業員についても、深夜に労働した時間があれば、その部分は別に問題になります。

管理監督者に当たるかどうかは、役職の名称ではなく、職務の内容、責任と権限、勤務態様、待遇といった実態に即して判断されるものとされています。会社としては、これらに関する資料を整理することから始めます。

変形労働時間制・裁量労働制の適用

1か月単位の変形労働時間制は法定の労使協定又は就業規則その他これに準ずるものにより、1年単位の変形労働時間制は法定の労使協定により、それぞれ平均した労働時間等の要件を満たした場合に、特定された日・週において法定労働時間を超えて労働させることができる制度です。1か月単位では労使協定と就業規則等が選択的な要件とされていますが、1年単位を就業規則だけで導入することはできません。

専門業務型裁量労働制は、省令で定める対象業務について、業務遂行の手段や時間配分の決定等に関して具体的な指示をしないことや、健康及び福祉を確保するための措置といった法定の事項を労使協定で定め、その業務に従事させた場合に、協定で定めた時間を労働したものとみなす制度です。企画業務型裁量労働制は、労使委員会が委員の5分の4以上の多数による議決で法定の事項を決議し、使用者が行政官庁に届け出るなどの要件を満たした場合に、決議で定めた時間を労働したものとみなす制度です。

いずれの制度も、法定時間外・法定休日・深夜の労働に対する割増賃金を一律に免除するものではありません。時間外労働の算定方法は制度ごとに異なるため、制度適用の有無と、割増賃金の要否を確認する必要があります。

3 残業代請求への回答を組み立てる

資料が不足している場合の扱い

会社は、労働時間を適正に把握・管理する義務を負うため、勤怠の記録を直接証明する資料が残っていない場合であっても、業務日報、メールやチャットの送受信の記録、出勤簿等の資料を整理し、証拠を保全しておく必要があります。

消滅時効と、完成猶予・更新

退職手当を除く賃金請求権の消滅時効期間は、権利を行使することができる時から原則5年ですが、当分の間は3年とされています。各月の賃金について、それぞれの支払期を基準に確認することになります。

2020年4月1日より前に支払期日が到来した賃金請求権については、改正前の2年の時効期間が適用されます。基準となるのは労働した日ではなく、支払期日です。

なお、催告をされたときは、その時から6か月を経過するまでの間は時効の完成が猶予されますが、その間に再度の催告をされても、完成猶予の効力は生じません。催告は時効の更新ではなく、裁判上の請求や権利の承認とは効果が異なります。

争いのある部分と、ない部分を分ける

回答にあたっては、労働時間、基礎賃金、既に支払われた金額のうち、どこに争いがあるのかを考えておく必要があります。

なお、会社が従業員に対して損害賠償の請求を検討している場合でも、賃金の支払義務とは分けて考える必要があります。会社側の損害賠償債権と賃金債務との一方的な相殺によって賃金の支払義務を免れることは原則できません。労働者の同意に基づく相殺合意についても、その同意が自由な意思に基づくものと認められる合理的な理由が客観的に存在することが必要であり、相殺合意書に署名があるというだけで足りるものではありません。

遅延利息

退職した労働者の賃金（退職手当を除く）について、退職の日（退職の日後に支払期日が到来する賃金については、その支払期日）までに支払わなかった場合には、退職の日の翌日から支払の日までの期間について、政令で定める率（年14.6パーセント）による遅延利息の支払が必要となることがあります。

4 残業代請求の解決に加え、継続している運用の是正を進める

合意書の清算の範囲

清算条項を含む合意をする場合、当該残業代の請求がその対象に含まれるかを、条項の文言と合意に至る経緯から確認します。「一切の債権債務が存在しないことを相互に確認する」という定型の文言があるからといって、当事者双方が把握していなかった請求権までをも当然に消滅させると断定することはできず、合意の対象の範囲や賃金債権の放棄の効力を検討する必要があります。

同じ制度を適用している従業員への影響

残業代請求をしてきた従業員に固有の事情ではなく、賃金制度や勤怠管理の設計に原因がある場合、同じ制度を適用している他の従業員についても、同様の法的紛争が生じている可能性があります。過去の残業代請求への対応と、将来に向けた運用の是正は、分けて進める必要があります。

付加金、労働審判・訴訟との関係

裁判所は、労働者の請求により、割増賃金の規定に違反して支払われなかった未払額に加え、これと同一額の付加金の支払を命ずることができるとされており、付加金の支払が命じられる可能性を見据えた対応を検討しておく必要があります。

残業代請求に係る労働審判の申立書や呼出状が届いた場合には、裁判所が指定した答弁書の提出期限と第1回の期日を確認し、申立書と添付資料を基に、期限までに必要な準備を整理します。審判が出た後の異議の申立てについては、「解雇・退職勧奨を争われたとき」で扱っています。

賃金制度や労働時間管理の見直しを継続的に行う場合には顧問サービスを、現場への周知を行う場合には社内研修サービスをご利用いただけます。労働基準監督署の調査を伴う場合の対応は、「労働関係紛争への対応（使用者側）」をご覧ください。

よくあるご質問

タイムカードに記録された時間が、すべて労働時間になりますか。

記録された時間が、そのまま労働時間として確定するわけではありません。労働時間に当たるかどうかは、使用者の指揮命令下に置かれていたと評価できるかによって判断されるものと理解されています。

会社が承認していない残業にも、支払義務がありますか。

「承認していない」という会社の内部の取扱いだけで決まるものではありません。実際に業務をしていたか、その業務が会社の指示や黙認のもとで行われていたか、業務量から見て所定の時間内に終えられたか、といった事実関係を確認することになります。逆に、残業に係る申請と承認の手続が実際に運用されており、それに反する事案であるという場合には、その点を主張立証することになります。

固定残業代を支給していても、追加の支払が必要ですか。

固定残業代が割増賃金として認められる場合であっても、法令所定の割増賃金額に不足していれば、その差額の支払が必要です。なお、そもそも通常の賃金に当たる部分と割増賃金に当たる部分を判別できるか、割増賃金の対価として支払われたものといえるかという点が実務上争点になることが多いです。

管理職には残業代を支払わなくてよいのでしょうか。

労働基準法上の監督若しくは管理の地位にある者については、労働時間、休憩及び休日に関する規定が適用されません。もっとも、深夜の割増賃金はこの適用除外の対象ではありません。また、管理監督者に当たるかどうかは役職の名称ではなく、職務の内容、責任と権限、勤務態様、待遇といった実態に即して判断されるものとされています。社内で「管理職」としていることだけで、残業代を支払わなくていいわけではありません。

何年前の残業代まで請求されますか。

退職手当を除く賃金請求権の消滅時効期間は、原則5年ですが、当分の間は3年とされています。ただし、2020年4月1日より前に支払期日が到来した分については、法改正前の2年の期間が適用されます。基準となるのは労働した日ではなく、支払期日です。

勤怠の記録が残っていない期間は、労働時間をどのように確認しますか。

業務日報、メールやチャットの送受信の記録、出勤簿等の資料を整理し、どの範囲について説明ができるのかを可能な限り確認することになります。

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